F. Hoffmann-La Roche & Co. didirikan pada 1 Oktober 1896 oleh Fritz Hoffmann di usianya yang ke-28 bersama dengan istrinya, Adele La Roche. F. Hoffmann-La Roche mendirikan perusahaan ini setelah sebelumnya Traub & Co. perusahaan milik keluarga Hoffmann sukses di Basel, Swiss. Tujuan didirikannya Roche adalah untuk mengembangkan obat-obatan baru dengan kualitas yang lebih baik dari sebelumnya dan dipasarkan di dunia. Tujuan ini masih terus dipegang teguh sampai hari ini.
Di tahun 1897-1910 produksi Roche di Grenzach, Jerman berkembang dengan pesat sehingga diputuskan untuk menjadikannya pusat produksi. Fritz-Hoffmann-La Roche dan rekan barunya Carl Meerwein mengembangkan jaringannya di pasar Eropa. Roche membuka kantor cabang di Milan (Italia), New York (AS), St. Petersburg (Rusia) dan London (Inggris). Hingga 1914, jumlah karyawan Roche sudah cukup banyak (700 orang). Roche berupaya mengembangkan kerjasama yang erat antara dunia akademis dan pengembangan obat. Hasilnya, pada tahun 1915 kerjasama tersebut mulai membuahkan berbagai inovasi.
Pecahnya perang dunia pertama telah membawa Roche pada kemunduran. Pemboikotan produk yang terjadi di Jerman, terisolasinya Basel dari pabriknya di Grenzach, hilangnya pangsa pasar di Rusia dalam Revolusi di tahun 1917 serta kerugian akibat nilai tukar mata uang telah menyebabkan krisis keuangan. Terlebih lagi, pendiri Roche, F. Hoffmann meninggal pada 18 April 1920 akibat penyakit ginjal. Emil C Barell menjabat sebagai pemimpin yang baru. Titik terang muncul setelah posisi Roche menguat di komunitas ilmuwan, dengan keberhasilannya mengembangkan dan memasarkan produk-produk biokimia yang meliputi asam amino, peptida, protein, kardiak glikosida, vitamin dan hormon. Semua produk tersebut dihasilkan dari proyek-proyek penelitian Roche.
Di bawah kepemimpinan Emil C. Barell perusahaan mengalami kemajuan yang tidak terduga dari perkembangan produksi vitamin yang telah memberikan secercah harapan. Roche terus mengembangkan pasar ke Amerika Serikat dengan investasi pertama dilakukan di New York dan Nutley. Selain itu, gedung baru juga dirancang di kantor pusat di Basel. Perkembangan produk juga terjadi di era ini. Tadeusz Reichstein (Pemenang Nobel 1950) menemukan metode baru sintesa vitamin C. Roche menjadi pelopor dalam penyediaan vitamin sintesis.
Untuk menghindari ketergantungan pada penjualan vitamin, Roche juga melakukan penelitian di bidang farmasi. Di awal 1950-an dan pertengahan 1960-an, riset farmasi di Roche berkembang sangat pesat yang menghasilkan beragam produk dari anti depresi, anti jamur sampai obat kemoterapi kanker dan obat penenang.
Didorong oleh kesuksesan sebelumnya, Roche mengembangkan cakupan bisnis dan penelitian di seluruh spektrum kesehatan. Di Nutley, AS, Roche mengembangkan divisi diagnostik yang bertujuan untuk mengembangkan pelayanan analisa klinis untuk rumah sakit dan praktik dokter. Roche juga mulai terlibat dalam riset biomedis dasar ditandai dengan pendirian Roche Institute of Molecular Biology di Nutley, AS dan The Basel Institute of Immunology yang dibuka di tahun 1969 serta Nippon Research Center di Kamakura, Jepang. Pencapaian yang amat berarti diraih oleh obat anti parkinson Roche, dengan memenangkan Prix Galien (penghargaan setara nobel untuk obat inovatif) di tahun 1974. Selanjutnya, produk-produk Roche memenangkan 27 penghargaan serupa.
Roche mulai merancang struktur organisasi menjadi lebih rapi, memisahkan berbagai bisnis unit yang ada agar lebih fokus. Aktivitas perusahaan dikonsolidasikan melalui akuisisi yang selektif dan divestasi beberapa bisnisnya. Setelah penyesuaian yang terjadi, Roche memiliki 4 divisi utama yaitu Farmasi, Vitamin & Bahan Kimia, Diagnostik, dan Kosmetik. Roche dan Genentech mulai bekerja sama untuk menghasilkan produk rekayasa genetika. Di tahun 1987 antibiotik Roche menjadi produk antibiotik injeksi yang paling laku di dunia. Divisi Diagnostik juga meluncurkan alat analisa biokimia. Roche mulai memasarkan produk rekayasa genetikanya yang pertama. Para peneliti Roche juga meraih berbagai penghargaan nobel. Niels Kaj Jerne, direktur pertama yang memimpin Institusi Immunologi di Basel meraih penghargaan nobel dalam bidang obat-obatan (1984), penghargaan nobel ini diperolehnya bersama rekan sekerjanya César Milstein dan Georges Köhler. Susuma Tonegawa juga memenangkan penghargaan nobel di tahun 1987 atas karyanya tentang gen antibodi.
Roche dengan komitmennya untuk terus melakukan penelitian mengembangkan berbagai inovasi baru untuk berbagai terapi, agar nantinya dapat berperan sebagai pengganti layanan kesehatan yang mahal dan memberikan solusi untuk mempersingkat waktu rawat inap di rumah sakit. Berbagai inovasi yang dikembangkan telah melahirkan obat-obatan yang bisa mengatasi kanker dan HIV. Sedangkan di divisi diagnostik produk-produk inovatif juga dilahirkan. Selain itu di tahun 1998 divisi diagnostik juga meluncurkan produk inovatif untuk memantau diabetes yaitu Accu Trend dan Accu-Chek.
Dalam perkembangannya di masa yang akan datang Roche mempertajam fokus dari inti usahanya pada Farmasi dan Diagnostik. Roche juga kini semakin mengembangkan Research & Development (RD). Roche adalah perusahaan pertama yang mendirikan pusat penelitian dan pengembangan di Zhangjian Hi-Tech Park, Shanghai, China. Perkembangan juga terjadi di Jepang. Bergabungnya Nippon Roche (Roche Jepang) dengan Chugai Pharmaceutical Co., Ltd. menjadikannya sebagai perusahaan farmasi terbesar ke-5 di Jepang.